Bénédicte Savoy intègre l’Ecole normale supérieure de Fontenay-Saint-Cloud en 1992 où elle est reçu deuxième, puis elle est reçue première à l’agrégation d’allemand en 1996. En 2000 elle obtient son Doctorat d’études germaniques sur Les Spoliations artistiques de la France en Allemagne autour de 1800, sous la direction de Michel Espagne.
En 2013 elle reçoit l’insigne de Chevalier de l’Ordre National du Mérite pour son engagement permanent en faveur de l’amitié franco-allemande. En 2015, elle reçoit le Prix de l’Académie de Berlin ainsi que le Prix du Rayonnement de la langue et de la littérature françaises de l’Académie française.
Elle est titulaire de la chaire internationale « Histoire culturelle des patrimoines artistiques en Europe, XVIIIᵉ-XXᵉ siècle » au Collège de France depuis 2017.
Depuis le 5 mars 2018, Bénédicte Savoy et l'écrivain et universitaire sénégalais Felwine Sarr, ont été nommés par Emmanuel Macron, pour étudier la question des œuvres emportées en France pendant la période coloniale.