Née en 1971, Gwenaëlle Aubry intègre l’École normale supérieure en 1989 après deux années de classe préparatoire au lycée Henri-IV à Paris. Elle obtient une licence de philosophie et de lettres classiques, puis une maîtrise de philosophie, sous la direction de Pierre Hadot.
Gwenaëlle Aubry est reçue à l’agrégation de philosophie en 1992 et soutient sa thèse de doctorat en 1998 à l’Université Paris-Sorbonne. En 1999, elle devient Maître de conférences (philosophie ancienne et philosophie générale) à l’Université Nancy-II.
Par la suite, elle publie de nombreux articles et ouvrages sur la philosophie antique et ses réceptions modernes et contemporaines. Elle publie son premier roman, Le Diable détacheur, en 1999. Suivront L'isolée, L'isolement, Notre vie s'use en transfigurations, Personne, Partages, Lazare mon amour, Perséphone 2014 et La Folie Elisa. Elle se voit remettre en 2009 le Prix Femina (prix littéraire français, créé en 1904 en tant que contre-proposition au prix Goncourt jugé misogyne). En 2018 paraît Genèse du Dieu souverain. Archéologie de la puissance 2, le second volet du diptyque ouvert par Dieu sans la puissance.
Gwenaëlle Aubry est directrice de recherche au CNRS (2018, Centre Jean Pépin) et membre associé du Centre international d'étude de la philosophie française contemporaine (ENS).