Isabelle Kocher débute dans le privé dans les secteurs de l’industrie et de la finance. En 1997, elle travaille au ministère de l’Economie où elle est en charge du budget des télécommunications et de la défense. Entre 1999 et 2002, elle est conseillère du Premier ministre Lionel Jospin. C’est en 2002, qu’elle rejoint le groupe SUEZ. En 2011, elle devient directeur général adjoint en charge des Finances de GDF SUEZ devenu Engie, puis quatre ans plus tard, directeur général délégué en charge des opérations.

Le 3 mai 2016, à l'issue de l'assemblée générale d'Engie, la direction générale de l'entreprise est confiée à Isabelle Kocher. Elle devient la première femme à diriger un groupe du CAC 40.